Los dominios del cacique Bagatzi o Bagaci, como se le menciona en los escritos del historiador León Fernández, se ubicaban en la zona de lo que hoy es el cantón de Bagaces. Se cree que esta región estaba habitada por este cacique y su pueblo para la época de la llegada de los españoles.
Se encuentran pocos rastros de ocupación indígena; sin embargo, existen escritos que los mencionan. Ricardo Fernández Guardia en su libro “Historia de Costa Rica, el descubrimiento y la conquista” se refiere a los bagacíes como provenientes de los nahuas o aztecas, grupo de pueblos nativos de la región mesoamericana .
El conquistador y explorador español Juan Vásquez de Coronado que asumió la alcaldía mayor de Nicaragua en 1561, donde salió de Granada con el fin de someter a los indígenas de las islas Solentiname ubicadas en el Lago de Nicaragua, haciendo lo mismo con los pueblos de los caciques Cotán y Bagaci.
El 18 de agosto de 1562 salió Vásquez de Coronado de la ciudad de León de Nicaragua rumbo a Nicoya adonde llegó el 6 de setiembre del mismo año; «desde allí mandó a llamar a los caciques de Bagaces, Cotán y Zapandí, que ya había dejado en paz cuando su expedición a las islas Solentiname».
Según Coronado, Zapandí era autóctono de la zona del Valle Tempisque; Cotán y Bagaci eran pueblos que estuvieron ubicados en los alrededores del lago de Nicaragua. Esto toma mayor fundamento por el hecho de la relación de los bagacíes con los de Solentiname. El hecho de que Vásquez de Coronado los mandara a llamar desde Nicoya hacen pensar que ya eran conocidos.
Resulta interesante que no se menciona al pueblo de los corobicíes, liderados por el cacique Corevisi, los cuales hablaban otro dialecto, el chibcha, proveniente de Colombia en Suramérica, Colombia. Según el arqueólogo y antropólogo Samuel Lothrop los corobicíes con posterioridad a la llegada de los españoles se fueron retirando gradualmente hacia las selvas de la Llanura de San Carlos, donde sus descendientes son conocidos ahora como los guatusos.
Estas tierras posteriormente fueron ocupadas por los bagacíes, los cuales tenían por lengua nativa el náhuatl. El escritor Carlos Gagini en su obra “Los aborígenes de Costa Rica”, hace referencia a la palabra Bagatzi, cuyo significado es: “Baga, carrizo, caña; tzi lugar.” lo cual se traduce como lugar de caña o carrizo. Hoy en día este cantón lleva por nombre Bagaces, en honor a este cacique. Un monumento ubicado en el parque Medardo Guido Acevedo, en Bagaces centro, rinde homenaje a los primeros pobladores del cantón, los bagacíes.