La Iglesia de Nicoya Monumento Histórico y Arquitectónico, fue fundada en el XVI; la primera que se construyó en el país.
Nicoya, ¡tierra bendita! Aquí comenzó hace cinco siglos, la expansión del cristianismo al resto de la República.
Cuenta la historia que en el año 1523, a Gil González Dávila, en una expedición en el Golfo de Nicoya, le acompañaba el Padre Fray Diego de Agüero, uno de los capellanes que atendían las necesidades espirituales de quienes integraban ese grupo de exploradores. Por eso, puede afirmarse que la historia eclesiástica del país, inicia en tierras nicoyanas por el capellán Agüero.
En esta época de la conquista, en su recorrido, González Dávila conoció al Cacique Nicoya, con quien enlazó amistad, que indujo e influyó en la conversión del Cacique, de su familia e indígenas del pueblo al cristianismo.
Sin embargo, es hasta 1544, que se considera la fecha original de la fundación de la Parroquia de Nicoya. La tesis que confirma este hecho son los escritos del Monseñor Thiel, quien indica que en la fecha mencionada anteriormente, se erige la parroquia. La otra es la creciente conversión del cristianismo de los indígenas, lo que demandaba un sacerdote que cubriera las necesidades espirituales de los pobladores, con el fin de asegurar la perseverancia en la fe cristiana, todavía incipiente.
Este dato apunta que la Parroquia de Nicoya es la primera de Costa Rica, pues otras de gran antigüedad, como la Parroquia de Chomes, data de 1556 y la de Cartago de 1563.
Se cree que desde la fundación de la parroquia, los oficios religiosos se realizaron en un templo con una estructura muy simple y de techo pajizo, el cual fue necesario reemplazar por la actual edificación, ya que constantemente la población sufría incendios que destruían el templo. Estos acontecimientos no permitieron obtener una documentación más veraz y concreta de las características de la edificación, ya que los archivos eclesiásticos de la Casa Cural se quemaron.