El 13 de marzo de 1989, el Ministro de Educación Pública, Dr. Francisco Antonio Pacheco y el Rector de la Universidad de Costa Rica, Dr. Luis Garita Bonilla firman el “CONVENIO DE COOPERACIÓN ENTRE EL MINISTERIO DE EDUCACIÓN PUBLICA Y LA UNIVERSIDAD DE COSTA RICA”, el cual indica en su artículo primero: La Universidad brindará toda la colaboración dentro de sus posibilidades, al “Programa de Colegios Científicos Costarricenses” (C.C.C.) que impulsa el Ministerio de Educación Pública.
Al amparo del mencionado convenio, gracias a las gestiones realizadas por el director de la Sede de Guanacaste de la Universidad de Costa Rica, Lic. Juan Santiago Quirós Rodríguez, la Sede de Guanacaste de los Colegios Científicos Costarricenses, inicia sus labores en el año 1993, en las instalaciones de la Universidad de Costa Rica, Sede de Guanacaste, ubicadas en el Barrio El Capulín de Liberia, bajo la dirección de su primer Ejecutivo Institucional MSc. Roberto Cerdas Ramírez.
Posteriormente, desde 1994 y hasta principios de 2002, asume como Ejecutivo Institucional el Lic. Juan Santiago Quirós Rodríguez, quien cede su puesto al M.B.A. José Roberto Mata Montero, ejecutivo que permanece en el período del 2002 al 2006, en el 2007 asume como ejecutivo el Lic. Francisco Cossío Massón, posteriormente del 2008 hasta la actualidad, permanece como ejecutivo institucional, el Lic. Giovanni Arrieta Murillo.
Generaciones egresadas 1994-2017
A la fecha se han graduado veinticuatro grupos de jóvenes: 11 egresados en 1994, 12 egresados en 1995, 13 egresados en 1996, 8 egresados en 1997, 12 egresados en 1998, 20 egresados en 1999, 16 egresados en 2000, 16 egresados en 2001, 19 egresados en el 2002, 24 egresados en el 2003, 19 egresados en el 2004, 18 egresados en el 2005, 18 egresados en el 2006, 21 egresados en el 2007, 11 egresados en el 2008, 12 egresados en el 2009, 14 egresados en el 2010, 11 egresados en el 2011, 14 egresados en el 2012, 09 egresados en el 2013, 12 egresados en el 2014, 17 egresados en el 2015, 20 egresados para el 2016 y 20 egresados para el 2017, para un total de 367 egresados
Generación 2017
Generación 1994
