Actualmente el 26,51% del territorio terrestre y un 0,9% del territorio marino del país, se encuentran bajo alguna categoría de protección dentro de su Sistema de Áreas Silvestres Protegidas (SAP), sin embargo, existen lugares que han sido identificados como Sitios de Importancia para la Conservación (SICO), que aún no se encuentran representados como SAP, y sobre los cuales se según el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC), se están realizando esfuerzos de ampliación.

Para el 2025 debería de existir una mayor ampliación y consolidación de estas áreas que la actual, la cual representa hasta el momento un 8% en cuanto a ecosistemas marinos y un 69% de extensión con respecto a los terrestres. Para el 2018, se logró una ampliación terrestre en el AP Rincón de la Vieja como parte del Área de Conservación Guanacaste (ACG) y dos ampliaciones marinas en las AMP Santa Elena y Cabo Blanco en el extremo sur de la Península de Nicoya.

Con respecto al proceso de consolidación y gestión de las SAP, se reporta que el 58% de ASP cuentan con planes de manejo actualizados o en proceso de actualización y el 56% de las mismas monitorean su efectividad de manejo.

SAP de Guanacaste generan gran aporte a la biodiversidad del país

Del total de áreas protegidas a nivel nacional, tres de ellas se encuentran en la provincia de Guanacaste, las cuales incluyen parques nacionales, manglares, refugios de vida silvestre y corredores biológicos de importancia, que aportan una gran diversidad de especies para el conteo final del 6,7% de biodiversidad que representa Costa Rica a nivel mundial.

El Parque Nacional Santa Rosa, por ejemplo posee una extensión de 37.117 hectáreas terrestres y 78.000 hectáreas  marinas. La fauna es abundante y diversa, se ha observado 155 especies de mamíferos, más de la mitad son murciélagos; 253 aves, 100 anfibios y reptiles, y más de 10.000 de insectos, incluyendo unas 3,140 especies de mariposas diurnas y nocturnas.

Por su parte el Parque Nacional Guanacaste, con una extensión de 32.512 hectáreas abarca alrededor de 3000 especies de plantas, y sobresale una gran cantidad de aves y mariposas que según datos del ACG, el número se acerca a 5000 especies.

El Parque Nacional Marino Las Baulas constituye el sitio de anidación más importante de la Costa Pacífica del continente Americano, y en el Refugio de Vida Silvestre Tamarindo, su estero fue declarado en 1993 como Humedal de importancia mundial por la Convención RAMSAR. Ambos lugares conforman sitios de anidación para las Tortugas Baulas.

Con casi 17.000 hectáreas, el Parque Nacional Palo verde se destaca por ser uno de los lugares de mayor diversidad ecológica del país al contar con aproximadamente 15 hábitats. Debido a que su área es sujeta a inundaciones estacionales, permite generar la mayor concentración de aves acuáticas y vadeadoras, tanto residentes como migratorias del país y de la Región Centroamericana.

Por su parte la Reserva Biológica Lomas Barbudal, posee una gran riqueza en especies de insectos, particularmente abejas, avispas y mariposas. Se estima que existen unas 250 especies de abejas,  60 de mariposas nocturnas y más de 130 especies de aves.

El Refugio Nacional de Vida Silvestre Ostional en Santa Cruz, constituye, junto con la playa Nancite del Parque Nacional Santa Rosa, dos de las áreas más importantes del mundo para la anidación de Tortuga Lora y es el único lugar del país, en donde se pueden observar tortugas anidando durante todo el año.