El SARS-CoV-2 es un virus que está mutando y cada alteración trae consigo nuevas preguntas. Por esa razón, un científico de la Facultad de Microbiología de la Universidad de Costa Rica (UCR) aplica dos herramientas muy específicas para conocer a profundidad los cambios de este enemigo: la bioinformática y la inteligencia artificial.

Su nombre es José Arturo Molina Mora y él, junto con otros dos virólogos de la UCR que apoyan en la interpretación de datos (Eugenia Corrales Aguilar y Andrés Moreira Soto), efectúan esta labor con un único objetivo: identificar patrones del virus para reforzar la vigilancia epidemiológica.

El trabajo de estos científicos apoya el quehacer del Instituto Costarricense de Investigación y Enseñanza en Nutrición y Salud (Inciensa), que desde marzo de 2020 es el ente oficial encargado de liderar el análisis genómico del SARS-CoV-2 en el país.

La unión de ambas instituciones ha permitido descifrar la existencia de hasta once mutaciones que en estos momentos están circulando en el territorio nacional, y se estima que en un futuro próximo podrían presentarse nuevas. La pregunta es: ¿qué significa esto? ¿Es la circulación de otras cepas del virus un hecho para preocuparse?

Para el Dr. Molina, microbiólogo bioinformático del Centro de Investigación en Enfermedades Tropicales (CIET) de la Facultad de Microbiología, y coordinador del proyecto desde la UCR, la respuesta aún es incierta.

Por ese motivo, este especialista decidió abrir un espacio de su agenda para contestar esas interrogantes y además hablar sobre cómo la Universidad se vinculó al Inciensa, la contribución proporcionada para el diseño del protocolo de análisis, las razones científicas del porqué se están dando estas mutaciones y las proyecciones que se tienen sobre el virus.

A continuación, les brindamos las ocho respuestas más destacas a las preguntas planteadas. Si desea ver la entrevista completa puede visitar: http://ucr.cr/r/3uik.  

-¿Qué han visto hasta ahora?, ¿hay alguna mutación específica del SARS-CoV-2 vinculada a una mayor tasa de mortalidad en los pacientes?
Los casos de Costa Rica ya tienen mutaciones suficientes para diferenciarse del virus originario de Wuhan y esto mismo está pasando en otras partes del mundo. Afortunadamente no hemos encontrado una mutación que eleve la tasa de mortalidad en los pacientes.

Con base en los datos obtenidos hasta ahora, ni en Costa Rica ni en el mundo hay una mutación o tipo viral que sea más agresiva que otra. Por lo tanto, no se les asocia ninguna condición de mayor severidad. La proyección parece que no va a presentar ninguna diferencia, pero podría darse una excepción.

Conforme pasa el tiempo, el SARS-CoV-2 seguirá mutando y una de esas mutaciones podría volverse más agresiva. La idea es continuar con este tipo de análisis y darnos cuenta de lo que causa una variedad específica del virus, ya sea una muy poca mortalidad o, al contrario, una enfermedad más grave en las personas.

-Si bien usted indicó que ninguna mutación ha hecho que el virus sea más agresivo, ¿hay algunas mutaciones específicas que en este momento predominen en Costa Rica y estén tomando fuerza?
En nuestro caso particular, hay dos mutaciones interesantes que han sido muy analizadas a nivel mundial. El primero está en la espícula S-614, la partícula del virus que interactúa con el ser humano y que es dominante. Luego, está el ORF8 en la posición 84, que es poco frecuente.

El virus original de Wuhan tiene una D en su posición S-614. Hemos identificado dos casos en Costa Rica que tenían una D, pero la mayoría cambiaron a una G; es decir, el virus mutó. Actualmente, la mayoría de los casos de Costa Rica tiene esa mutación G y esto mismo se observa en el mundo.

Un grupo de genomas con esta mutación se empezó a fortalecer en el mes de julio. Algunas publicaciones hablan de que que la mutación G se podría asociar a una mayor cantidad de virus en la sangre. Ante esto se creía que a mayor cantidad de virus, más grave sería la enfermedad, pero esto parece descartarse. A nivel clínico, no hemos visto asociación entre mutación y severidad.

-Según el último reporte del Inciensa, un total de 70 genomas virales en Costa Rica han sido analizados y se encontraron entre cuatro a once alteraciones por genoma. ¿La cantidad de alteraciones en el SARS-CoV-2 podría aumentar?
Sí. Desde el último informe ya hemos analizado 140 genomas. Hemos encontrado preliminarmente cuatro mutaciones adicionales (para un total de 15) y conforme pasen los meses se registrarán más. Vamos en un aumento gradual lento y eso es esperable. En algunos años podríamos hasta encontrar 100 o más mutaciones.

-En dicho proceso, ¿qué tan probable es que, de repente, se encuentre una mutación más agresiva?
Puede suceder pero no es esperable que aumenten las mutaciones que hagan al virus más agresivo. Normalmente los patógenos se atenúan con el tiempo. Sin embargo, puede darse que en una de esas mutaciones el SARS-CoV-2 sea más virulento y dé lugar a una enfermedad más fuerte. Justo por eso es importante la vigilancia y el trabajo que desarrollamos desde la UCR.

- Dr. Molina, ¿y cuál es la razón científica del porqué estas mutaciones están sucediendo ¿Es el mismo ser humano quien las genera cuando el virus entra al organismo?
Sí. Las mutaciones se originan conforme el virus pasa entre las personas. Esto es producto de errores que comete el virus al replicarse en las células humanas. Es como que yo le dicte a usted una oración de casi 30 000 letras. La posibilidad de equivocarse cuando yo le dicte la oración es alta. Lo mismo pasa con el SARS-CoV-2 que tienen las 29 903 letras que le dije antes.

Entonces, el virus llega a la célula humana para replicarse, le saca copia a su material genético y en ese proceso se puede equivocar. La mutación resultante puede hacer que el virus tenga un mayor éxito para diseminarse o, en cambio, inducir una enfermedad más grave.

-En la última conferencia de prensa del 02 de octubre el Dr. Francisco Duarte, del Inciensa, mencionó que estos cambios o mutaciones son pocas para el corto tiempo de existencia que tiene el virus.
Así es. Que en siete meses de pandemia el virus solo se haya equivocado 15 veces (mutado), es una tasa bastante baja con todas las personas que ha infectado.

Por eso decimos que es muy lento. Los virus tienen mecanismos muy específicos para evitar mutaciones o “errores” en su copiado. Incluso, nosotros tenemos eso cuando nuestras células se dividen. No obstante, este virus es tan nuevo que hay que seguirlo vigilando.

Otro aspecto importante que también deseo mencionar, es que esas mutaciones no han ocurrido en los sitios de detección del virus.

-¿A qué se refiere con que no han ocurrido en los sitios de detección?
El SARS-CoV-2 tiene casi 30 000 pares de letras, pero en el PCR solo se lee un pequeño fragmento, entre 100 a 500 pares que pueden variar según la prueba de PCR.

Si yo le digo a usted una frase del Principito, muy probablemente no necesitará leer todo el libro para saber que es el Principito. Igual con el PCR, con solo un fragmento sabemos que es el virus. Pero, ¿qué pasa si hay muchas mutaciones en ese fragmento? El inicio de falsos negativos. Personas con un virus muy alterado provoca que la PCR ya no lo pueda identificar.

Nosotros leemos de manera constante todo el virus y nos aseguramos de que no haya mutado de forma drástica, y así que no interfiera en la lectura del PCR. Al día de hoy, esto no ha sucedido, justamente, porque el virus ha mutado poco.

-Con los siete meses que llevamos de pandemia, ¿qué puede esperar el país en relación con estas mutaciones?
Por el momento, lo que se puede esperar es que las mutaciones por sí solas no estén asociadas a una mayor severidad de la enfermedad, mortalidad o fracaso de algún tratamiento. El factor ambiental y genético del paciente son muy relevantes y son los que parecen tener mucho mayor peso en la presentación clínica de la enfermedad.

Por ejemplo, los casos mortales están más asociados a los padecimientos de fondo que presenta un individuo (hipertensión, diabetes, asma, etc.) que por la misma genética del virus.